V roce 2002 je v ČR registrována Evangelická církev augsburského vyznání v ČR registrovanou církví (vlastní kostel sv. Michala v Praze) a ve Slezská církev evangelická augsburského vyznání v Českém Těšíně.

Vzhledem k vidině dlouholetého soudního sporu zahajuje v květnu roku 2004 město prostřednictvím místostarosty Jiřího Suchardy nové kroky ke zjištění vlastníka kostela a jeho záchraně. Se zástupci církve se vede řada jednání, probíhá jejich návštěva ve Varnsdorfu a prohlídka kostela. Vzhledem k minimálnímu majetku církve se však tato cesta jeví jako nevhodná.

V září roku 2004 zahajuje město prostřednictvím odboru správy majetku a právničky města oficiální kroky vedoucí ke zjištění vlastníka.

V lednu 2005 označuje ministerstvo kultury za správce majetku Úřad pro zastupování státu ve věcech majetkových, který však vlastnictví zpochybňuje.

Na jaře 2005 se ve věci kostela začíná angažovat tehdejší zastupitel Mgr. Petr Šmíd.

V létě 2006 je provedena statická prohlídka věže kostela a jsou provedeny další zabezpečovací práce.

Vzhledem k marnosti všech dosavadních jednání je v květnu 2006 Městem Varnsdorf podána k okresnímu soudu v Děčíně žaloba na určení vlastnictví. Ve věci bylo nařízeno několik jednání, zatím však bez konkrétního výsledku.

V listopadu roku 2009 nabízí soud kostel městu dobrovolně do vlastnictví, to jej však rozhodnutím zastupitelstva nepřijímá. V únoru 2010 je vypracován statický posudek (ke stažení ZDE), který zjišťuje, že stav kostela je vážný, téměř celý kostel je v havarijním stavu. Naštěstí ale nejsou nalezeny žádné statické poruchy.

Doufejme tedy, že se kostel dožije zdárného ukončení soudní pře o určení vlastnictví, následného vzkříšení a zejména nového využití.

28. února 2011 byla Stavebním úřadem vydána výzva současnému vlastníkovi ke zjednání nápravy. Po uplynutí šestiměsíční lhůty bude k nápravě vyzváno Město Varnsdorf, které se již na záchranné a zabezpečovací práce připravuje.